個人情報保護マネジメントシステムを制定し、PDCA（計画・試行・運用・改善）のサイクルが一通り終わったなら、プライバシーマーク付与機関へ申請することになります。申請先は「付与指定機関」がある事業者は以下のリストに記載されている付与指定機関へ、それ以外の事業者は（財）日本情報処理開発協会（JIPDEC）の受付窓口に申し込みます。
申請書類を準備し申請書を提出すると、JIPDECまたは上記の付与指定期機関で書類の不足や記入漏れがないかを確認し、問題がなければ受理され、「プライバシーマーク付与申請に係る申請書類受領書」と「プライバシーマーク申請手数料請求書」が送付されます。そして申請手数料の入金が確認されると、次の段階である「書類審査」が行われます。