| 種別 | 新規 | ||
| 事業者規模 | 小規模 | 中規模 | 大規模 |
| 申請料 単位：円 | 50,000 | 50,000 | 50,000 |
| 審査料 単位：円 | 200,000 | 450,000 | 950,000 |
| マーク使用料 単位：円 | 50,000 | 100,000 | 200,000 |
| 合計 | 300,000 | 600,000 | 1,200,000 |
申請にかかる費用は、「申請料」、「審査料」、「プライバシーマーク使用料（有効期間である2年分）」が必要となります。申請書類に不備があって受理されない場合でも「申請料」は返却されません。
また、「審査料」には、審査関係事務、書類審査、現地審査、報告書作成の各費用が含まれており、その費用は事業者数及び業種によって異なります。さらに、審査料は「事業者の規模」により定められた時間を原則としており、その時間を越えた場合は、1時間当たり4万円の追加請求が発生します。