会社によって、その事業規模や特性には大きな違いがありますので、全ての株式会社に対して一律に特定の機関の設置を義務付けるのは、現実的ではありません。そこで最低限のルール(条件)を定めて、後は会社がその規模や特性に応じて自由に機関構成ができるように、大幅な裁量が認められるようになりました。これを「機関設計自由の原則」といいます。
機関設計のルールは以下の通りです。なお、機関設計は、取引先などが知ることができるように、登記事項となっています。